Los profesores del Departamento de Microbiología de la Universidad de Granada participan como docentes en las distintas Lineas de Investigación de los siguientes Programas de Doctorado:
- Programa de Doctorado "Biología Fundamental y de Sistemas"
- Programa de Doctorado "Biomedicina"
- Programa de Doctorado "Medicina Clínica y Salud Pública"